# pathology-slice-uploader

**Repository Path**: peakb_admin/pathology-slice-uploader

## Basic Information

- **Project Name**: pathology-slice-uploader
- **Description**: https://github.com/niu-peng/pathology-slice-uploader
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: MIT
- **Default Branch**: main
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2026-06-28
- **Last Updated**: 2026-06-28

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# 病理切片文件上传工具

## 项目概述

病理切片文件上传工具是一个专门用于处理和管理数字病理切片（Whole Slide Imaging, WSI）文件的Web应用。该工具支持大文件分片上传、文件分类存储、完整性验证以及便捷的文件下载功能，为病理数据管理提供高效解决方案。

![工具主界面](public/index.jpg)

## 功能特性

### 前端功能
- 📁 **文件上传**：支持拖拽上传和点击选择文件
- 📊 **进度显示**：实时显示上传进度条和百分比
- 📝 **状态提示**：各阶段上传状态的详细文字描述
- 📥 **文件下载**：上传完成后可直接下载文件
- 📋 **文件信息**：显示上传文件的详细信息（名称、分类、大小、路径）
- 🔄 **断点续传**：支持大文件分片上传，提高传输可靠性

### 后端功能
- 📁 **文件分类**：根据文件格式自动分类存储（aperio、hamamatsu、leica等）
- 🔍 **格式验证**：仅支持指定的WSI文件格式
- ✅ **完整性校验**：支持MD5文件完整性验证
- 🗂️ **静态服务**：上传文件可通过URL直接访问
- 📊 **上传进度**：支持查询上传进度
- 🧹 **临时文件清理**：上传完成后自动清理临时切片文件

## 技术栈

### 前端
- HTML5
- CSS3
- JavaScript (ES6+)

### 后端
- Node.js
- Express
- Multer (文件上传中间件)
- File System (文件系统操作)
- Path (路径处理)

## 支持的文件格式

- `.svs` (Aperio)
- `.ndpi` (Hamamatsu)
- `.scn` (Leica)
- `.kfb` (3DHISTECH)
- `.mrxs` (Aperio MRXS)
- `.bif` (Philips)
- `.vms` (Ventana)
- `.vmu` (Ventana)
- `.tif`/`.tiff` (TIFF)

## 安装与运行

### 环境要求
- Node.js 12.0.0 或更高版本
- npm 6.0.0 或更高版本

### 安装步骤

1. **克隆项目**
   ```bash
   git clone <repository-url>
   cd node/mongoServe
   ```

2. **安装依赖**
   ```bash
   npm install
   ```

3. **启动服务器**
   ```bash
   node index.js
   ```

4. **访问应用**
   - 服务器地址：`http://localhost:9999`
   - 上传页面：`http://localhost:9999/public/upload.html`
   - API文档：`http://localhost:9999/api/api-info`

## 使用指南

### 上传文件

1. **选择文件**
   - 点击上传区域或拖拽文件到上传区域
   - 系统会自动检测文件格式是否支持

   ![选择文件界面](public/selectFile.jpg)

2. **查看上传进度**
   - 上传过程中会显示进度条和实时百分比
   - 大文件会自动进行分片上传

   ![上传进度界面](public/uploading.jpg)

3. **完成上传**
   - 上传完成后会显示文件信息和下载链接
   - 点击"📥 下载文件"按钮可直接下载上传的文件

   ![上传完成界面](public/end.jpg)

### 下载文件

- 上传完成后，系统会生成下载链接
- 链接格式：`http://localhost:9999/uploads/[分类]/[文件名]`
- 可直接点击链接下载或复制链接分享

## 项目结构

```
mongoServe/
├── public/
│   └── upload.html          # 前端上传页面
├── routes/
│   ├── index.js            # 路由索引
│   └── upload.js           # 上传相关路由
├── utils/
│   └── fileChunk.js        # 文件分片处理工具
├── uploads/                # 上传文件存储目录
│   ├── aperio/             # Aperio格式文件
│   ├── hamamatsu/          # Hamamatsu格式文件
│   └── ...                 # 其他格式文件目录
├── index.js                # 服务器入口文件
├── package.json            # 项目配置文件
└── README.md               # 项目说明文档
```

## API 端点

### 文件上传

#### 1. 初始化分片上传
- **URL**: `/api/upload/wsi/init`
- **Method**: POST
- **参数**: 
  - `filename`: 文件名
  - `fileSize`: 文件大小
  - `md5`: 文件MD5（可选）
- **返回**: 上传ID和分片信息

#### 2. 上传分片
- **URL**: `/api/upload/wsi/chunk`
- **Method**: POST
- **参数**: 
  - `uploadId`: 上传ID
  - `chunkIndex`: 分片索引
  - `file`: 文件分片
- **返回**: 分片上传状态

#### 3. 合并分片
- **URL**: `/api/upload/wsi/merge`
- **Method**: POST
- **参数**: 
  - `uploadId`: 上传ID
  - `filename`: 文件名
  - `md5`: 文件MD5（可选）
- **返回**: 合并结果和文件信息

#### 4. 普通文件上传
- **URL**: `/api/upload/wsi`
- **Method**: POST
- **参数**: `file`: 上传文件
- **返回**: 上传结果和文件信息

### 查询与管理

#### 1. 查询上传进度
- **URL**: `/api/upload/wsi/progress`
- **Method**: GET
- **参数**: `uploadId`: 上传ID
- **返回**: 上传进度信息

#### 2. 获取支持的文件格式
- **URL**: `/api/upload/wsi/formats`
- **Method**: GET
- **返回**: 支持的WSI文件格式列表

#### 3. 列出所有文件
- **URL**: `/api/upload/wsi/files`
- **Method**: GET
- **返回**: 所有已上传文件列表

## 配置说明

### 服务器配置
- **端口**: 9999（可在`index.js`中修改）
- **静态资源**: `/uploads` 目录映射到 `http://localhost:9999/uploads`

### 上传配置
- **分片大小**: 5MB（可在`utils/fileChunk.js`中修改）
- **临时目录**: `uploads/.temp/`
- **目标目录**: `uploads/[文件分类]/`

## 故障排除

### 常见问题

1. **下载链接不生效**
   - 检查服务器是否正在运行
   - 确认`uploads`目录是否正确配置为静态资源

2. **上传失败**
   - 检查文件格式是否支持
   - 确认文件大小是否超过服务器限制
   - 查看浏览器控制台的错误信息

3. **进度条异常**
   - 尝试刷新页面后重新上传
   - 检查网络连接是否稳定

## 版本历史

- v1.0.0 (2026-01-08)
  - 初始版本
  - 支持分片上传和普通上传
  - 实现文件分类存储
  - 添加下载功能
  - 实现进度显示和状态提示

## 许可证

MIT License

## 贡献

欢迎提交Issue和Pull Request来帮助改进这个项目！

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**开发团队**: 病理数据管理系统开发组
**联系方式**: [np2368235544@gmail.com]
**更新时间**: 2026-01-08