# md_project

**Repository Path**: lukejian/md_project

## Basic Information

- **Project Name**: md_project
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-05-11
- **Last Updated**: 2022-05-19

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

## 简单步骤

* 准备sdf文件放入`$PROJECT_HOME/work_dir/sdf`中
* 准备pdb文件放在`$PROJECT_HOME`, 并命名`protein.pdb`


```bash

# 1. prepare_ligands

cd work_dir
sbatch prepare_ligands.sh ../

# 2. prepare_systems

sbatch prepare_systems.sh ../

# 3. equn_run cpu部分计算

sbatch equn_run.sh ../  # 根据sdf数量设置nodes 数量

# 4. equn_run gpu 部分计算

sbatch submit.sh ../ # 根据sdf数量设置(nodes / 4) 数量, 每个节点4张卡, 4个任务, 至多允许3个GPU卡空闲

```

单个`XXX_md` 计算

```
cd work_dir

sbatch one_submit.sh job/12016308_md/ 
```

用同一个节点的计算不同的md任务

```
cd work_dir

sbatch many_submit.sh test_md/ test2_md/
```

## 注意

可能`prepare_systems` 会出现问题

```bash

cd work_dir

bash check_md.sh

# 如果出现问题, 可以运行

bash fix_prepare_system.sh job/XXX_md  # 进行单步计算

```